1999年，发动机改为VTEC型，转速低于6750RPM以下，每缸只有对角一对气门开闭，转速高于6750RPM时，4个气门都工作，车架号前4位是NC39。外型上，油箱、侧边盖、尾板全变了。前刹车由鲍鱼卡钳改为金色NISSIN卡钳，为一对直径296mm浮动式钻孔碟。离合器盖上缺个角，凸轮轴两边有电镀的圆盖，升级成为电子表，后胎由140毫米改为160毫米。脚踏部分后移，档位连杆也相应延长了，外观上座位下的侧板由以前的三角型改为梯形。原机械式油箱开关改为自动式，采用了全新的电子感应里程表，液晶跳字里程表带有指示灯、燃油表。后摇臂放弃原拉力管连杆，采用全新的主形断面铝合金材料。
2000年和1999年一样，外观分不出来；00年的是大锁头的，99的是小锁头的。
02-03年CB400 VTEC 2代：
2002年，升级为VTEC2型，由6750RPM改为6300RPM打开4气门；改为双电子表，防盗电子晶片钥匙。
前制动系统为一对直径296mm浮动式钻孔碟，放弃了原Brembo四活塞油压对向卡钳，改用设计相同但出自日本制造的Nissin产品。后碟同样经过一定程度的强化，沿用原直径的钻孔碟，但原来的双活塞油压卡钳改用下置式设计。后摇臂放弃原拉力管连杆，采用全新的主形断面铝合金材料，除了强调低重心设计外，更减轻了自身的质量，特别在刹车时所产生的震动力也相应下降，较上置式卡钳来的柔顺自然。
全新的VTEC发动机发动起来，排气声一如既往，顺畅宁静，以2500r/min起步有少许乏力感觉，改为3000r/min较为理想。原因是采用了120/60ZR17前胎和宽大的160/60ZR17后胎（原前胎为110/70-17，后胎为140/70-17）。以4500r/min进入二档未见突出，需以较高转速去维持稳定的转向，否则转弯时有些局促感，可能是因为加宽了的轮胎所致。以400cc的大型车体，加上VTEC的设定转速，6750r/min以下发动机只安排一半的气门工作。这说明VTEC的设计重点在于中段及高转速的狂野表现，给人一种全新的驾驶感觉，骑姿颇为运动化，后置式的脚踏相当实用。因此这种设计比较适于习惯驾驶二冲程跑车的年轻骑士。若能保持7500-8000r/min转速行驶，以二冲程跑车操控方法来驾驶此车，则最能发挥它的内在潜力。
CB400 VTEC 三代：
HYPER VTEC III系统的变化，在街车上运用高转的加速反应，太激烈会让人觉得无法控制，渐进的加速反应给人一段适应时间，更容易达到人车合一的境界。
本田基于第一、二代的经验，对第三代VTEC电脑调校做出了更好的改良：首先，1档到5档开动的转速被控制在6300rpm，这是明智的选择，因为以CB 400 SF引擎做到敏捷而快速的起步动作可谓是易如反掌，这就保留了顺畅舒适感觉。而在5档进入6档时，二代是设定为6300rpm，虽然对于尾段的安全过渡做得很完美，但却丢了加速感，VTEC三代在6档时的开动转数改为6750rpm，这就意味着当你在5档转入6档时，只要把5波转数由6000转推至到约7000转的区域才推入6档，速度瞬时提升，跳跃感传遍全身。
为了使CB400SF HYPER VTEC III的造型跟前两代有明显分别，本田在其外型上也做了一些调整。车头加强了反光折射，提高亮度，而灯架由电镀改为黑色，指挥灯缩小反而显得潇洒。油箱配上了大型本田翼的图案，座位拉长了13mm，薄了5mm，显得更有跑车风范，最棒的就是车尾换成了红色LED迫力灯和改为尖斜向上的造型，这个改动使平凡造型的SF开始有点不平凡了。
前悬挂仍是41mm套筒前叉，后轮双筒式油压弹簧也没有改动，前制动碟还是296mm直径双锁孔碟，后碟是240mm直径锁孔碟配对向双活塞卡钳，卡钳位置由二代的下方改为上方。此外，尾齿细了一齿，在急速上多了一点数字。
97-98年复古版CB400-FOUR：
在日本这款车价格要略高于普通常见的CB400。这部车在日本番名叫：HONDA CB400 FOUR，是在日本90年代末期和21世纪初期流行复古风的潮流下的产物，同时代本田还出了HONDA VRX 400太子款。这款400最引人注目的就是4条很亮的排气，由于排气是直接4出4的，所以没有普通款4出2出1的气堵性。
厂家在出厂时候为了适应该车的行街性能，提高了车的低扭，所以这款400在中低速上的表现要远胜于普通的400，4跟排气在发动时候会有很强的震撼和类似VFR800的抖动，看上去像个暴躁又不失控制的机器。车的轮圈采用复古车必用的辐条式，化油器侧面有类似于CB400SF的vs版本上的PGM（电子油门响应），这个功能的应用会让车子在低温启动时候更加顺畅,回油的时候平滑。水箱略比SF版的偏小，挡位由6档改为5挡，强调中低输出和低挡的爆发力。此车仪表的功能全面，配备了电子里程，在中间还有电压警报器，电压在13到15伏时候会亮起红灯，提醒车主打开大灯释放适当电流。
总之，在日本这部400在当年问世的时候也创了新高。到现在依然可以看见很多还在街上跑。而在天朝，这款CB可谓是相当稀有。
2001-2008年复古版CB400SS：
2001年本田公司推出全新设计的复古车CB400SS，以对抗面世20余年的YAMAHA SR400。以注重实际和耐用而闻名于世的本田公司的产品一直都受到人们的青睐，此款CB车系的单缸复古车一经推出便迎来一大批追随者，并牢牢占据400CC单缸复古车阵营。集大量的电镀件和抛光的零件于一身的CB400SS此时有足够的实力来对抗任何一个厂牌的复古车。
经过三年，2004年CB400SS进行了一次小改款，加装电启动装置(脚踏启动依然保留)和时下流行的HISS晶片防盗，外观上只有几处不起眼的区别，包括三角板由01年黑色改为银色，仪表底色由原来蓝色改为黑色，启动杆为电镀亮色，缸体由原来铝本色改为银色涂漆。
