接近150匹的最大马力，177kg的净重，DeltaboxⅡ的车架，这就是Yamaha在1998年推出的第一代YZF-R1。新的R1取代了原有的YZF-1000 Thunder ACE，成为厂方新的运动型产品旗舰，厂方把它称之为：“不妥协的超级运动机器。”发动机的型式则与上一代相同：水冷四冲程直列四汽缸、DOHC二十汽阀。而作为观众，新车与上一代相比，最大的变化莫过于以往平行的前后座位，变成了一高一低的座位。这表示Yamaha决意将原来此级别的街跑车路线，转往纯运动型的方向。
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与98款相比，1999年推出的YZF-R1在外观线条上作出了更生动的改变，发动机则没有太大的变化，依旧是150匹马力的版本。
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2000年款的R1，车身与发动机均经过了大幅的改良，整车的净重降低了2公斤（175公斤），线条、操控性也经过重新设计，采用了钛合金的排汽管，110.3kw（超过150匹）的最大马力。
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2001’YZF-R1是在上一版的基础上，在外观略作改动而成，其他的基本没多大的分别。
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2002年的YZF-R1为其历史翻开了新的一页：开始采用了FI电子燃油喷注系统。同时还有新的、装有三路催化装置的排汽系统，令R1符合欧Ⅱ的排放标准。其他新的设计，还包括了LED后尾灯、置于油箱上半部分的空气过滤盒与外形等。而经过改良的发动机，也令最大马力提升至111.8kw（152匹），全车净重则降低至174公斤。
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2003’YZF-R1在上一款的基础上，线条、图案略作改变而成。
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2004’YZF-R1是该车型历史上的一个里程碑式的款式：每公斤的车重有一匹的马力推动！发动机的缸径x行程，从以往的74mm x 58mm修改为77mm x 53.6mm，压缩比高达12.4：1，最大马力变成126.4kw（172匹），车身净重则由上一代的174公斤降至172公斤。除此之外，采用CF技术制作的DeltaboxⅤ铝合金车架、新型的LCD仪表板、前辐射式刹车卡钳、马达驱动的间接控制油门…. ………..尤其是从乘客后座位的屁股伸出来的排汽管，让人瞬间就年轻了十多年，回到了当年要掏尽积蓄之后享受TZR-3MA的时刻。
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除了外观的图案之外，2005年的YZF-R1与一款相比，并无重大的改变。
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2006’YZF-R1，马力较2004’、2005’的版本提高了3匹至175匹，车身长了20mm，全车净重略有增加变成了173公斤。仪表板的上，也增加了可以记录圈速的功能。而外观的图案，渗入了更多Yamaha的传统元素以纪念厂方的五十周年。
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同年推出的YZF-R1 SP。
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2007’YZF-R1，采用了在旧有的马达驱动间接控制油门基础上新改良的、源于MotoGP的技术：YCC-T（Yamaha Chip Controlled - Intake）电子控制油门。发动机则由以往每汽缸五汽阀，修改为每汽缸四汽阀，压缩比扩大至12.7：1，最大马力达到了132.4kw（180匹）。更轻的离合器、六活塞辐射式的前刹车卡钳，都是07款R1的改变之处。
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2008年的YZF-R1，延续07款的基础，改变了车身的图案继续面向市场。
